Según el Boletín de Calidad en el Servicio de la Aerocivil, Aero República se consolidó durante el año 2009 como la aerolínea con menor índice de quejas por cada diez mil clientes transportados. En el mercado nacional, Aero República obtuvo 0.98 quejas por cada diez mil clientes transportados, un 25% menos que en 2008 cuando el acumulado fue de 1.31.
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